Příběh Tiberian Twilight začíná v roce 2062, kdy je téměř celá planeta Země pokryta tiberiem a lidstvu tak hrozí totální vyhlazení. Situace se dostala do takového stavu, že dokonce Kane spojí síly s GDI, aby společně rozšiřování tiberia zabránili.

Hratelnost se oproti předchozím dílům Command & Conquer zásadně změnila. Odpadlo stavění základny a shromažďování surovin. Místo základny dostane hráč tzv. Crawlera, tedy obrovskou jednotku, která slouží mimo jiné k výrobě dalších jednotek. Crawler je velmi odolný, tudíž se dá používat i jako útočná jednotka. Ve hře jsou celkem tři druhy Crawlerů - offense, defense a support. Podle jejich názvů je každému hráči jasno, že každý se hodí na něco jiného a v každém se dají nakupovat jiné jednotky v závislosti na specializaci. Jednotek je ve hře kolem devadesáti a jsou zde jak nové, tak prakticky všechny z předchozích dílů, byť mohou být lehce upravené. Těšit se tedy můžeme na takové kousky jako jsou Mammoth Tank, Orca, Juggernaut a mnohé další.

K výhře nyní není potřeba zničit nepřátelskou základnu (která již stejně neexistuje), ani vyhladit všechny nepřátele do jednoho, ale obsazovat kontrolní body.

Hra obsahuje oproti Tiberium Wars už opět jenom 2 strany - GDI a Brotherhood of Nod, mimozemská rasa Scrin byla v předchozím díle poražena.